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Variabilidad genética para virulencia en (fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (sacc.) snyder y hansen (fol), fuentes de resistencia y forma de herencia en especies de (lycopersicon)

ADA ASCENCIO ALVAREZ (2006)

"En el presente trabajo se inocularon 29 aislamiento monospóricos de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol), en materiales diferenciales para observar su variabilidad genética (Bonny Best, Manapal, Walter e I3R3), con una suspensión conidial (107 ml l-1). Se extrajo ADN, el cual se amplificó usando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), de secuencias espaciadoras intergénicas con los iniciadores IGSF 5’ CTG AAC GCC TCT AAG TCA G 3’ e IGSR 5’ AAT GAG CGA TTC GCA GTT TC 3’; y se realizó un análisis del patrón de bandas generada por la técnica de polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción (RFPLs), usando las enzimas de restricción: EcoRI, RsaI, DraI e Hinf. Se utilizaron 27 accesiones de diferentes especies del género Lycopersicon para buscar fuentes de resistencia procedentes del Conservation Genetic Resources Program of University of California, Davis; las cuales se inocularon y se evaluaron de la misma forma que con los materiales diferenciales. Se utilizaron poblaciones segregantes F2 producto del entrecruzamiento de progenitores tolerantes y susceptibles a la raza 3 de Fol. La evaluación por medios convencionales se basó en la respuesta típica de resistencia vertical a través de la observación de síntomas (plantas sanas o enfermas); en la metodología por medios moleculares se hizo un análisis estadístico (matriz de dismilaridad genética por apareamiento simple); el análisis fenético se realizó con el programa de análisis multivariado de taxonomía numérica (NTSYS-pc versión 2.3); la matriz de similitud se calculó con el coeficiente DICE. Para definir el tipo de herencia se utilizó la prueba G y para calcular los valores de dicha prueba, se empleó un software (McDonald et al., 1996). Se detectó la presencia de tres razas de Fol. en los lotes muestreados en Culiacán, Sinaloa; el 24 % corresponde a la raza 1, 14% a la raza 2 y 62% a la raza 3. A través de medios moleculares, no existe variabilidad entre las cepas evaluadas; sin embargo, hay diferencias genéticas que permiten diferenciar las razas presentes. De los genotipos evaluados con posibles fuentes de resistencia todos fueron susceptibles a la raza 1, 16 resistentes a la raza 2 y 4 resistentes a la raza 3, siendoL. esc. cv. motelle; Lycopersicon peruvianum y Lycopersicon pimpinellifolium. Al evaluar el tipo de herencia se observó que las especies esculentum, peruvianum y pimpinellifolium presentaron genes de resistencia vertical a la raza 3. Las frecuencias genéticas 3:1 de plantas (resistentes y susceptibles) en las poblaciones segregantes, fueron similares, ya que en todos los casos el valor G (2.8, 0.68 y 1.35, respectivamente) tienen una p 0.05, indicando una herencia mendeliana simple."

There were collected 102 samples stem with Fusarium oxysporum f sp lycopersici (Fol) symptoms of tomatoes commercial varieties from Culiacán Sinaloa. The fungi was isolated, purified and morphologically identified, producing monosporic isolates. The differential genotypes used were Bonny Best, Manapal, Walter and I3R3; those were inoculated in a Fol conidial suspension of 107 ml l-1 containing every possible race of Fol using the immersion of root with small wounds. The high quality DNA was obtained and amplified using the polymerase chain reaction (PCR), of sequencing of the intergenic spacer, using primers IGSF 5’ CTG AAC GCC TCT AAG TCA G 3’ e IGSR 5’ AAT GAG CGA TTC GCA GTT TC 3’. It was carried out a polymorphism patterns analysis using the restriction fragment length polymorphisms (RFLP’s) technique, using the restriction enzymes: EcoRI, RsaI, DraI and Hinf to find variability in the monosporic isolates. There were used 27 accessions from the Conservation Genetic Resources Program of University of California, Davis, of 48 different genera of Lycopersicon to identify genetic sources of resistance; the inoculation and evaluation were in the same way that differential genotypes. Later, the segregants F2 populations resulting of resistant ant susceptible race 3 of Fol. parent crossover were evaluated using the typical symptoms of vertical resistance answering (sick and health plants). In the molecular methodology a statistical analysis was made to obtain a dissimilarity matrix analysis by simple mating; assigning digit 1 for presence and digit 0 for absence. The phenetic analysis was did it using a multivariate analysis of numeric taxonomy (NTSYS-pc ver 2.3). The similarity matrix was calculated with the DICE coefficient. To define the inheritance was used the G test using the software proposed by McDonald et al., 1996. The differential genotypes responses detected the 3 races of Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici presence in the Culiacán Sinaloa commercial production lots. From all the isolations, 24% presented race 1, 14% race 2 and 62% race 3. Through the molecular analysis it was determined that the variability among monosporic isolates does not exist; however, there are genetic differences that allow defining the races. In the evaluated genotypes it was found that all of them were susceptible to race 1, 16 were resistant to race 2 y 4 resistant to race 3, standing out an improved genotype (L. esc cv. motelle) and 2 wild (Lycopersicon peruvianum and Lycopersicon pimpinellifolium). The peruvianum specie had booth vertical resistance to races 2 and 3, showing it like a potential resistance source, which was originated in the Andeane region where it was possible the resistance develop to the different Fol. races. The peruvianum and pimpinellifolium species had resistance to race 3. The 3:1 genetic frequencies of resistant and susceptible plants in segregant populations were similar, since the G value (2.8, 0.68 and 0.02, respectively) had a p 0.05, showing a simple Mendelian inheritance. In this way, the pimpinellifolium specie has vertical resistant alleles to races 2 and 3.

Doctoral thesis

Tomate Variabilidad Genética CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Estudios genéticos sobre la poliembrionía en maíz. Análisis retrospectivo

JOSÉ ESPINOZA VELAZQUEZ EPIFANÍA LIZBETH VALDEZ LARA VÍCTOR MANUEL GONZÁLEZ VÁZQUEZ NOÉ MUSITO RAMÍREZ JOSÉ EZEQUIEL GALLEGOS SOLÓRZANO JUANA SÁNCHEZ LAUREANO ADALIRA VILLARREAL CÁRDENAS JOSÉ MANUEL ALCALÁ RODRÍGUEZ (2006)

"La condición de semilla prolífica o poliembriónica en maíz (PE) es un fenómeno documentado, apoyado con resultados experimentales fehacientes. A la fecha, por vía de selección recurrente, se ha tenido éxito en generar dos poblaciones, enana y normal, con PE igual o superior a 65%. De manera concomitante al proceso selectivo, se han llevado a cabo una serie de estudios de índole genético y agronómico con la finalidad de desentrañar ventajas y desventajas del fenómeno PE con miras a su utilización práctica en el diseño de variedades de maíz especializado. En este trabajo se analizan y confrontan resultados sobre los siguientes temas: probables mecanismos genéticos que intervienen en la expresión de la PE en estas dos poblaciones; las cualidades nutricionales de sus semillas; combinaciones de germoplasma PE y de Alto aceite; y resultados preliminares sobre análisis de ADN, en bandas atribuibles a las poblaciones poliembriónicas de maíz"

"The multiple seedlings per individual seed or polyembryony in maize (PE) is a well known phenomena supported by suitable experimental results. So far, by means of recurrent selection, two maize populations (dwarf and normal) have been developed; the PE frequency on them is no less than 65%. Concomitant to the selection process, several genetics and agronomical studies have been undertaken in order to bring out advantages and disadvantages of the possible use of PE in the designing of new varieties. In this work, a series of experimental results are analyzed and confronted on subjects such as: possible genetic patterns on the PE phenomena in these two populations; nutrient PE seed qualities; comparisons on germplasm levels of PE and high oil corn; and preliminary results on DNA molecular analysis on the two PE maize populations"

Article

Zea mays L. Poblaciones, Selección recurrente Genética Poliembrionía CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Genética de poblaciones, resistencia y expresión diferencial de rhizoctonia solani kühn a fungicidas, su respuesta a antagonistas y fito químicos.

FRANCISCO CASTILLO REYES (2012)

"Se determinó la variabilidad genética de 57 cepas a nivel de grupo de anastomosis (GA) de R. solani, aislados de planta y tubérculos procedentes de lotes comerciales del cultivo de papa en las zonas agrícolas de los estados: Coahuila (Huachichil, San José del Vergel, San Juan del Prado, La Purísima), Nuevo León (Arramberry, El Potosí, Lucio Blanco, San Rafael, San Joaquín, Lote 17 y Lote 28), Chihuahua (Janos y Nuevo Casas Grandes), Sonora (Obregón) y de tubérculos importados de Canadá, a través de la amplificacion de la region 18 Ls del rADN usando los Iniciadores RS1 (5 -CCTGTGCACCTGTGAGACAG-3 L) y RS4 (5 -TGTCCAAGTCAATGGACTAT-3 L) (Camperota et. al. 2000) y su posterior restriccion con 4 enzimas (MseI, AvaII, HincII, y MunI). Asi como bioensayos para determinar los niveles de resistencia a los fungicidas Pencycuron y Tiabendazol y el comportamiento de los individuos resistentes y susceptibles a antagonistas microbianos y a fitoquimicos extraidos de plantas"

"In this study was determined the genetic variability of 57 strains at anastomosis group (GA) level of of R. solani, isolated from plants and tubers from commercial batches potato in different agricultural areas: Coahuila (Huachichil, San Jose del Vergel, San Juan del Prado, La Purisima), Nuevo Leon (Arramberry, El Potosi, Lucio Blanco, San Rafael, San Joaquin, Lot 17 and Lot 28), Chihuahua (Janos and Nuevo Casas Grandes), x Sonora (Obregon) and imported tubers from Canada. Rhizoctonia groups were identified PCR amplification of rDNA 18's using the follow primers RS1 (5'-CCTGTGCACCTGTGAGACAG-3 ') and RS4 (5'-TGTCCAAGTCAATGGACTAT-3') (Camperota et. al., 2000) and subsequent restriction with 4 enzymes (Mse I, Ava II, Hinc II, and Mun I). Bioassays were perfomed to determine the Rhizoctonia resistence levels to the Thiabendazole and Pencycuron fungicides and behavior of resistant and susceptible individuals to microbial antagonists and phytochemicals extracted from semidesert plants. The restriction patter resulted that the Rhizoctonia strains were identified as AG11 5.26%, AG1-1B 14.03% and AG380.7%, this classification coincides with the percentages reported by Alonso et. al. 1994, Virgin et. al. 1996, Carling et. al. 1998. The high presence of GA3 can be correlated with the spread of group by tuber seed. The susceptibility determination of the Rhizoctonia strains to thiabendazole and Pencycuron fungicides shows that the growth of all strains of R. solani was inhibited with an IC50 of 0.014-0.039 mg ai / L pencycuron, reports literature indicates that the IC50 of a susceptible strain of R. solani is 0.01 mg / L, with these data it was determined that the resistance factor (FR) of studied strains fluctuated between 1.4 to 3.945. For thiabendazole all strains were inhibited with IC50 of 0.82 to 2.91 mg ai / L, so it is in concordance to results reported by Leach and Murdoch (1985), where strains with IC50 values of less than 3 mg / L are sensitive to thiabendazole fungicide. Different AG showed heterogeneity in sensitivity to the thiabendazole and pencycuron fungicides being AG11 and AG1-1B the most tolerant groups. xi The response of moderately resistant to pencycuron R. solani was evaluated against extracts from Larrea tridentata (G), Flourensia cernua (H), Agave lechugilla (L), Yucca filifera (Y), Carya illinoensis (R), Opuntia ficus-indica (N) and Lippia graveolens (O) obtained using different solvents (ethanol (E), water (H), lanolin (L) and cocoa butter (M)). In this study were found differences on mycelia growth inhibition from 0% to 100%. Mycelia growth inhibition was extract doze dependent, as extract concentraction increase, Tukey mean comparison indicates that: Carya / Ethanol 3000, Lippia / Lanolin, Opuntia / ethanol, Agave / ethanol and Flourensia / ethanol at doses higher than 200, Flourensia / butter with doses> 1000, Larrea / lanolin at doses> 2000 ppm of polyphenols have an effect of 100% inhibition of R. solani mycelia. The IC50 of each extract on R. solani was highly variable; the lowest IC50 was obtained with F. cernua in ethanol to 16.3 ppm and the highest with O. ficus-indica in cocoa butter to 9.9 X106ppm. Studies for isolation antagonist microorganisms from cactus, agave, palm, governor, mesquite and lechuguilla rhizosphere againt R. solani allowed the identification of 16 Bacillus strains, which were identified by morphological, Gram and endospore staining and rDNA 16´s secuencing. The results of growth inhibition in vitro by dual technique express a range of 40.4 to 67% on the growth mycelia inhibition of fungicide resistant R. solani strains. Seven of these strains were identified by 16'S rDNA sequencing, five on B. subtilis, one on B. pumilus and one on B. atrophauas"

Doctoral thesis

Genética Resistencia Fitoquímicos CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Selección y manipulación genética de una levadura tolerante y sobreproductora de etanol

José Arnoldo López Álvarez (2007)

Instituto de Investigaciones Químico Biológicas. Maestría en Ciencias en Biología Experimental

Ethanol is mainly obtained by alcoholic fermentation Through the use of fermenting microorganisms such as yeasts, which consume the sugars present in the medium, converting them into ethanol. However, ethanol becomes toxic at certain concentrations the microorganism that produces it, affecting the production of this metabolite. For this, the organisms have systems of protection against this Metabolite, among which are the proteins called Molecular chaperones, which have been widely found Distributed in the organisms. Such is the case of the molecular chaperone HscA in P. aeruginosa non-fermenting bacteria, this chaperone has been suggested be involved in the mechanism of tolerance to ethanol. For this reason the Objective of the present study was to evaluate the effect of the expression of Molecular chaperone homologue SSQ1 and the molecular co-chaperone JAC1 in Auxotrophic yeasts to uracil obtained from isolated wild strains Of Agave juice selected for tolerance and ethanol production. The results of the tests carried out in this study indicate that the strain Transformed with the plasmid pYES2 (SSQ1) presented a higher tolerance to Ethanol, being 10% more than the wild type and 12% more tolerant than the Uracil or parental auxotrophic strain. The increase in ethanol production Obtained was 10% higher in the strain transformed with the plasmid PYES2 (SSQ1), compared to the wild strain and 20% more than it’s While the transformation with the plasmid pYES3 (JAC1), showed Tolerance levels and ethanol production similar to those shown by the Wild strain.

El etanol es obtenido principalmente por la fermentación alcohólica mediante el uso de microorganismos fermentadores como son las levaduras, las cuales consumen los azúcares presentes en el medio convirtiéndolos en etanol. Sin embargo, el etanol llega a ser tóxico a ciertas concentraciones para el microorganismo que lo produce, afectando la producción de este metabolito. Para esto los organismos poseen sistemas de protección contra este metabolito, entre los cuales se encuentran las proteínas denominadas chaperonas moleculares, las cuales se han encontrado ampliamente distribuidas en los organismos. Tal es el caso de la chaperona molecular HscA en la bacteria no fermentadora P. aeruginosa, ésta chaperona se ha sugerido estar involucrada en el mecanismo de tolerancia a etanol. Por tal motivo el objetivo del presente trabajo fue evaluar el efecto de la expresión de la chaperona molecular homologa SSQ1 y la co-chaperona molecular JAC1 en levaduras auxótrofas a uracilo obtenidas a partir de cepas silvestres aisladas de jugo de Agave seleccionadas por tolerancia y producción de etanol. Los resultados de los ensayos realizados en este trabajo indican que la cepa transformada con el plásmido pYES2 (SSQ1) presentó una mayor tolerancia a etanol, siendo un 10% más que la cepa silvestre y un 12% más tolerante que la cepa auxótrofa a uracilo o parental. El incremento en la producción de etanol obtenido fue un 10% mayor en la cepa transformada con el plásmido pYES2(SSQ1), comparado con la cepa silvestre y un 20% más que su parental, mientras que la transformación con el plásmido pYES3(JAC1), mostró niveles de tolerancia y producción de etanol similares a los mostrados por la cepa silvestre.

Master thesis

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA IIQB-M-2007-0006 Genética Levadura Etanol

Estimación de parámetros genéticos en dos poblaciones de maíz

EDUARDO MUSITO RAMIREZ (2001)

"Los objetivos de la presente investigación fueron estimar la variación genética para diferentes caracteres agronómicos y heredabilidad, en dos poblaciones de maíz; determinar los efectos de Aptitud Combinatoria General (ACG) de los progenitores y Específica (ACE) de sus cruzas. Se evaluaron cruzas dobles en tres ambientes, obtenidas de dos poblaciones, una enana y otra precoz, atendiendo el apareamiento requerido por el diseño I de Carolina del Norte; la evaluación de cruzas simples en dos ambientes de un diseño II de Carolina del Norte; así como el censo total de las poblaciones utilizando un diseño dialélico. Esto para ambas poblaciones. Originando familias de hermanos completos, familias de medios hermanos paternos y maternos; las cuales se sembraron en un diseño bloques al azar con dos repeticiones. Se midieron cinco caracteres agronómicos: días a floración masculina y femenina, altura de planta, altura de mazorca y rendimiento. Los componentes de varianza genética y heredabilidad estimados en los diferentes caracteres agronómicos, muestran que la población precoz, contendrá una mayor proporción de varianza aditiva en la mayoría de los caracteres evaluados, la cual se puede explotar mediante algún esquema de selección recurrente que acumule los efectos aditivos presentes en los caracteres. Caso contrario sucedió en la población enana, donde resulto mayor la varianza de dominancia en los caracteres altura de planta, altura de mazorca y rendimiento; por lo que se justificaría un programa de hibridación que explote los efectos no — aditivos de dichos caracteres. De la evaluación en el dialélico, se identificaron líneas con efectos positivos de ACG para rendimiento de grano y además algunas presentaron buenos atributos agronómicos, de las cuales destacaron las L6, L12, L5 y L13, en la población enana, en tanto que en la población precoz sobresalieron las L5, L7, L3, L6 y Ll. Las mejores cruzas para la población enana fueron la 3x13, 4x5, 6x13, 6x10, 4x9, 8x9 y 7x10 en tanto que en la población precoz se identificaron las cruzas 2x3, 8x10, 1x6, 4x7 y 1x5."

"The objectives of the present investigation were to estimate the genetic variation for different agronomic characters and heritability in two populations of maize; to estimate the effects of general combining ability (GCA) of parents and specific (SCA) of their crosses. Double crosses obtained from two populations, one dwarf and the other early, according to the mating design I of North Carolina were evaluated in three environments. Also, single crosses were evaluated in two environments by the design II of North Carolina, as well as the total census of the populations using a diallelic design, for both populations. The full-sib families and paternal and maternal half-sib families were planted at random in block designs with two repetitions. Five agronomic characters were measured: days to male and female fiowering, plant height, ear height and grain yield. The genetic variance components and heritability estimates from different agronomic characters, showed that the early population contains a high proportion ol additive variance in most of the traits evaluated, which can be capitalized by recurren selection to accumulate additive effects present in the population. The opposite occurred in the dwarf population, where the dominante variance was high on plant height, ear height and yield; therefore it would be justified a hybridization program that exploits the non-additive effects of these traits. From the diallel evaluation, lines having positive effects of GCA for grain yield. were identified and some of them presented good agronomic attributes, of which the L6. L12, L5 and L13, stand out from the dwarf population, whereas the L5, L7, L3, L6 anc Ll stand out from the early population. Crosses with the best SCA from the dwarf population were 3x13, 4x5, 6x13 6x10, 4x9, 8x9, and 7x10, whereas 2x3, 8x10, 1x6, 4x7 and 1x5 from the earl) population"

Master thesis

Maíz Población Genética CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Acumulación de dehidrinas en chiles serranos (capsicum annuum l.) bajo condiciones de estrés hídrico

DAGOBERTO FLORES MARÍN (2013)

"En este estudio se compararon las variedades de chile serrano Tampiqueño 74 y Pánuco, en cuanto a su respuesta a condiciones de estrés hídrico en invernadero y en campo abierto. Los tratamientos consistieron en la limitación del agua durante un período de 15 días en invernadero y 38 días en campo, en comparación con los testigos los mismos tipos de chiles en condiciones óptimas de riego. Se registró la tensión de humedad en el suelo y se evaluó potencial hídrico en las hojas, el contenido relativo de agua en las hojas y la expresión del gen Cadhn1 que codifica para una dehidrina, mediante análisis de expresión con la técnica de RT-PCR Se observaron diferencias en la acumulación de transcritos de la dehidrina 1 entre las variedades: en Tampiqueño 74, el gen mostró una expresión básicamente constitutiva, con poca respuesta al estés impuesto; en cambio la variedad Pánuco se observó una clara inducción de expresión del gen Cadhn1 en plantas sujetas a tratamiento de sequía en invernadero y en campo. En el ensayo en el invernadero, la tensión de humedad en el suelo y el potencial hídrico en las hojas alcanzaron valores menores en las plantas de chile Pánuco."

The response to water stress was studied in the chili pepper varieties “Tampiqueño 74” and “Pánuco”. The experiment was performed twice, one in the greenhouse and other in field conditions. The treatment was imposed by water withholding for 15 days in the greenhouse and 38 days in the field. Stressed plants were compared with well-watered plants growing in the same conditions. Soil water tension, water potential in leaves and the foliar relative water content were recorded. The expression of Cadhn1 gene that codifies for a dehydrin protein, was analyzed by RT-PCR. The chili pepper varieties expressed Cadhn1 differently. Tampiqueño 74 had a constitutive expression of the dehydrin gene with a small response to water stress. The Pánuco variety showed a clear induced expression in stressed plants, both in the greenhouse and the field. In the greenhouse assay, the soil water tension and the leaf water potential developed the lower values in the Pánuco plants.

Master thesis

Capsicum annuum Dehidrina Genética CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Aphelinidae (hymenoptera: chalcidoidea) y sus hospederos, en el sur de Coahuila, México

OSCAR ANGEL SANCHEZ FLORES (2013)

"El presente estudio tuvo como objetivos determinar géneros y especies de Aphelinidae conocer hospederos y especies de vegetales donde se hacen presentes, así como el porcentaje de parasitismo natural y la especie más abundante. Se determinaron nueve especies de Aphelinidae en los géneros Encarsia (E. macula, E. pergandiella, E. guajavae, E. inaron, E. luteola y E. barracas), Eretmocerus (E. jimenezi, E. joebalii y E. perseae) de Aphytis (tres especies sin identificar). Además de siete especies de hospederos, seis de la familia Aleyrodidae (Paraleyrodes minei; Aleuropleurocelus afin a A. acaudatus; Siphoninus phillyreaea, Tetraleurodes mori, Trialeurodes vaporariorum y Aleurothrixus floccosus) y uno de la familia Diaspididae (Quadraspidiotus pemiciosus). De Aphididae no emergieron afelínidos. Las “pupas” de los hospederos Aleyrodidae y Diaspididae se obtuvieron de diez especies de vegetales (Persea americana, Punica granatum, Citrus sinensis, Morus nigra, Lindleya mespiloides, Solanum tuberosum, Cucurbita pepo, Taraxacum officinale, Pyrus malus, Laurus nobilis). El porcentaje de parasitismo natural varió entre 4% y 66 %. Aleuropleurocelus afín a. A. acaudata fue la especie más parasitada (66 %) por E. macula. La especie más abundante fue Eretmocerus. joeballi (73.72 %)."

"The present study aimed to determine genera and species, of and Aphelinidae, host plants where they were present, as well as the natural parasitism percentage and the most abundant species. Nine species of Aphelinidae in the genera Encarsia (E. macula, E. pergandiella, E. guajavae, E. inaron, E. luteola and E. barracas), and Eretmocerus (E. jimenezi, E. perseae and E. joebalii) were determined, and Aphytis (three species). Seven host species, six of the family Alyrodidae (Paraleyrodes minei; Aleuropleurocelus aff. A. acaudatus; Siphoninus phillyraea; Tetraleurodes mori; Trialeurodes vaporariorum; Aleurothrixus floccosus) and one of the family Diaspididae (Quadraspidiotus pemiciosus). Were identified. From Aphididae did not emerged aphelinids. Pupae of the hosts Diaspididae and Aleyrodidae were obtained from ten plants species (Persea americana, Punica granatum, Citrus sinensis, Morus nigra, Lindleya mespiloides, Solanum tuberosum, Cucurbita pepo, Taraxacum officinale, Pyrus malus, Laurus nobilis). Natural parasitism percentage ranged between 4% and 66 %. Aleuropleurocelus aff. acaudata was the species more parasitized (66%) by Encarsia macula. The most abundant species was Eretmocerus joeballi ( 73.72 %)"

Master thesis

Hospederos Parasitismo, Especies Aphelinidae Vegetales Palabras clave: Hymenoptera Parasítica, Aphelinidae, Hospederos, Parasitismo, Coahuila, México. Key words: Parasitic Hymenoptera, Aphelinidae, Host, Parasitism, Coahuila, México CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Computational estimation of system-level gene coexpression across human tissues

VICTOR MANUEL TREVIÑO ALVARADO (2020)

https://orcid.org/0000-0002-7472-9844

Large-scale gene coexpression projects have been a valuable resource for researchers involved in bioinformatics, molecular biology and biomedical sciences as they provide support for formulating hypotheses regarding gene functions and interactions, as well as for prioritizing genes in experimental designs. Such projects however, contain results calculated from all sorts of samples including healthy, disease and experimental condition specimens in addition to many of them not being based on sequencing technologies. The understanding of normality in the context of human gene coexpression is pivotal as this helps uncovering new functional associations for previously known or unknown genes and it serves as a comparison point when studying disease states. Other tools besides the Pearson Correlation Coefficient have not been traditionally explored for large-scale coexpression, potentially letting more complex non-linear associations between genes pass. In this computer science master thesis, a system-level coexpression estimation across a variety of normal human tissues is proposed. The objective is not only improve on the current areas of opportunity that exist in the large-scale coexpression research domain, but to also provide the scientific community with a novel and useful resource of system-level human coexpression data. Results comprise the first large-scale coexpression estimation in the literature that exclusively considers normal samples in the input data that were profiled with sequencing technologies in combination with 3 distinct coexpression metrics considered for calculation: the Pearson Correlation Coefficient, the Spearman Rank Correlation Coefficient and the highly interpretable Chi-square test of independence.

Master of Science in Computer Science

Master thesis

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA HUMANA